Ustavni sud sačinjava devet sudija, od kojih šest sudija biraju parlamenti entiteta (Predstavnički dom Federacije Bosne i Hercegovine bira četiri, a Narodna skupština Republike Srpske dva), a preostalu trojicu bira predsjednik Evropskog suda za ljudska prava, nakon konsultacija sa Predsjedništvom Bosne i Hercegovine. Za sudije Ustavnog suda mogu biti izabrani istaknuti pravnici visokog moralnog ugleda. Svako ko udovoljava takvim kvalifikacijama i ima pravo glasa, može biti sudija Ustavnog suda. Sudije koje bira predsjednik Evropskog suda za ljudska prava ne mogu biti državljani Bosne i Hercegovine niti bilo koje susjedne države. Mandat sudija imenovanih u prvom sazivu je pet godina, izuzev ako prije toga ne podnesu ostavku ili ne budu s razlogom razriješeni konsenzusom ostalih sudija. Sudije kasnijih saziva mogu obavljati svoje dužnosti do 70 godina starosti, izuzev ako prije toga ne podnesu ostavku ili budu razriješeni konsenzusom ostalih sudija.
Sud je ustanovljen nakon izvršenih procedura izbora i imenovanja, prvom sjednicom Ustavnog suda u maju 1997. godine. Osnovna zadaća ove sjednice je bila da učini Sud radnim. Poslovnik je usvojen na sjednici održanoj 29. jula 1997. godine. U međuvremenu Poslovnik je šest puta bio izmijenjen i dopunjen, da bi Sud na sjednici održanoj 23. jula 2005. godine donio Pravila Ustavnog suda Bosne i Hercegovine. Ova Pravila su bila na snazi do aprila 2014. godine kada su stupila na snagu nova Pravila. Ustavni sud tajnim glasanjem bira predsjednika i tri potpredsjednika iz reda sudija. Predsjedništvo Suda, tj. predsjednik i tri potpredsjednika se biraju po principu rotacije. Mandat predsjednika Suda traje tri godine. Pravila suda također sadrže i odredbe o nepodobnosti i imunitetu. Funkcija sudije je nespojiva sa članstvom u političkoj stranci ili političkoj organizaciji u Bosni i Hercegovini, članstvom u zakonodavnoj, izvršnoj i drugoj sudskoj vlasti u Bosni i Hercegovini odnosno u entitetima, ili sa bilo kojom drugom funkcijom koja može uticati na nepristranost sudije.
Sudija može biti razriješen dužnosti prije isteka mandata ako to sam zatraži, ako bude osuđen na zatvorsku kaznu, ako trajno izgubi sposobnost da obavlja svoju funkciju, ili ako obavlja javne ili profesionalne dužnosti nespojive sa funkcijom sudije Ustavnog suda. Sud utvrđuje postojanje razloga za razrješenje sudije prije isteka mandata s obzirom na činjenicu da sudije mogu biti razriješene dužnosti na osnovu konsenzusa ostalih sudija. Sud svoju organizaciju i djelatnost ostvaruje na principu finansijske samostalnosti.
Većina svih članova Suda sačinjava kvorum. Sud donosi odluke većinom glasova svih članova u Plenarnoj sjednici i Velikom vijeću. Malo vijeće koje se sastoji od predsjednika Ustavnog suda i dva potpredsjednika jednoglasno odlučuje o privremenim mjerama. Odluke Ustavnog suda su konačne i obavezujuće i objavljuju se u "Službenom glasniku Bosne i Hercegovine" te u službenim glasilima entiteta i Distrikta Brčko.
Sjedište Ustavnog suda je u Sarajevu. Sjednice se u pravilu održavaju u sjedištu, ali Sud može odlučiti da se sjednica održi i van sjedišta.
