Уставни суд сачињава девет судија, од којих шест судија бирају парламенти ентитета (Представнички дом Федерације Босне и Херцеговине бира четири, а Народна скупштина Републике Српске два), док преосталу тројицу бира предсједник Европског суда за људска права, након консултација са Предсједништвом Босне и Херцеговине. За судије Уставног суда могу да буду изабрани истакнути правници високог моралног угледа. Свако ко удовољава таквим квалификацијама и има право гласа може да буде судија Уставног суда. Судије које бира предсједник Европског суда за људска права не могу да буду држављани Босне и Херцеговине нити било које сусједне државе. Мандат судија именованих у првом сазиву је пет година, изузев ако прије тога не поднесу оставку или не буду с разлогом разријешени консензусом осталих судија. Судије каснијих сазива могу да обављају своје дужности до 70 година старости, изузев ако прије тога не поднесу оставку или не буду разријешени консензусом осталих судија.
Суд је установљен након извршених процедура избора и именовања, првом сједницом Уставног суда у мају 1997. године. Основни задатак ове сједнице је био да учини Суд радним. Пословник је усвојен на сједници одржаној 29. јула 1997. године. У међувремену Пословник је шест пута био измијењен и допуњен, да би Суд на сједници одржаној 23. јула 2005. године донио Правила Уставног суда Босне и Херцеговине. Ова Правила су била на снази до априла 2014. године када су ступила на снагу нова Правила. Уставни суд тајним гласањем бира предсједника и три потпредсједника из реда судија. Предсједништво суда, тј. предсједник и три потпредсједника бирају се по принципу ротације. Мандат предсједника Суда траје три године. Правила Суда такође садрже и одредбе о неподобности и имунитету. Функција судије је неспојива са чланством у политичкој странци или политичкој организацији у Босни и Херцеговини, чланством у законодавној, извршној и другој судској власти у Босни и Херцеговини, односно у ентитетима, или са било којом другом функцијом која може да утиче на непристрасност судије.
Судија може да буде разријешен дужности прије истека мандата ако то сам затражи, ако буде осуђен на затворску казну, ако трајно изгуби способност да обавља своју функцију, или ако обавља јавне или професионалне дужности неспојиве за функцијом судије Уставног суда. Суд утврђује да ли постоје разлози за разрјешење судије прије истека мандата с обзиром на чињеницу да судије могу да буду разријешени дужности на основу консензуса осталих судија. Суд своју организацију и дјелатност остварује на принципу финансијске самосталности.
Већина свих чланова Суда сачињава кворум. Суд доноси одлуке већином гласова свих чланова у Пленарној сједници и Великом вијећу. Мало вијеће које се састоји од предсједника Уставног суда и два потпредсједника једногласно одлучује о привременим мјерама. Одлуке Уставног суда су коначне и обавезујуће и објављују се у "Службеном гласнику Босне и Херцеговине", те у службеним гласницима ентитета и Дистрикта Брчко.
Сједиште Уставног суда је у Сарајеву. Сједнице се, у правилу, одржавају у сједишту, али Суд може да одлучи да сједницу одржи и ван сједишта.
