(Члан VI/3 тачка а) Устава)
Уставни суд има искључиву надлежност одлучивања о свим споровима који проистекну из Устава између два ентитета, или између Босне и Херцеговине и једног или оба ентитета, или између институција Босне и Херцеговине. У суштини, Суд овдје одлучује о позитивним или негативним сукобима надлежности, као и о било којим другим споровима који могу да се појаве у односима између државних и ентитетских структура власти, односно институција Босне и Херцеговине.
Према Уставу, спор може да покрене само одређен круг овлашћених покретача: члан Предсједништва Босне и Херцеговине, предсједавајући Министарског савјета, предсједавајући или његов замјеник било којег дома Парламентарне скупштине, једна четвртина чланова/делегата било којег дома Парламентарне скупштине или једна четвртина чланова било којег дома законодавног органа једног ентитета.
